Кодоминирование может вызывать путаницу с неполным доминированием из-за того, что во всех трёх случаях фенотипическое проявление признака имеет промежуточную вариацию. 1

При неполном доминировании гетерозиготы имеют признаки, промежуточные между признаками рецессивной и доминантной гомозигот. 5 При кодоминировании, в отличие от неполного доминирования, у гетерозигот признаки проявляются одновременно (смешанно). 5

Отличить кодоминирование и неполное доминирование можно при исследовании фенотипического сходства в совокупности с механизмами его формирования. 1 Также следует обращать внимание на специфику проявления признака и систематическую принадлежность особи. 1

Например, при неполном доминировании фенотип в гибриде выражается в разной степени, а при кодоминировании оба фенотипа выражены в гибриде в равной степени. 12