Клювоголовые считаются живым ископаемым среди рептилий, потому что они сохранили множество архаичных черт, сближающих их с первыми рептилиоморфами и их амфибийными предками. 2

Некоторые из таких черт: амфицельные (вогнутые и спереди, и сзади) позвонки, типично амфибийные нёбные и сошниковые зубы, венозный синус (специальное место для хранения венозной крови) и хорошо развитый и функционирующий теменной третий глаз. 2

Кроме того, клювоголовые считаются самой древней из ныне существующих группой рептилий, известной и практически не изменившейся ещё с Голоцена. 4 Это позволяет исследователям использовать их в качестве первой внешней группы в филогенетических анализах Чешуйчатых. 4