Клубеньковые бактерии могут заражать разные виды бобовых растений, но не все, из-за специфичности микроорганизмов — их способности вступать в эффективный симбиоз с определённым набором сортов и видов бобовых растений. 3

Специфичность может быть узкой (например, клубеньковые бактерии клевера заражают только группу клеверов) или широкой (клубеньковые бактерии гороха могут заражать растения гороха, чины, бобов, а бактерии чины и бобов — растения гороха). 1

Специфичность клубеньковых бактерий возникла в результате их длительного приспособления к одному растению или к группе растений и генетической передачи этого свойства. 1

Кроме того, на заражение бобовых растений клубеньковыми бактериями влияют свойства и состояние почвы: успешное заражение происходит на почвах, бедных азотом, а на обеспеченных азотом почвах растения обладают устойчивостью к заражению. 2