Классификация генов на структурные и регуляторные не всегда однозначна, потому что различие между этими категориями генов может быть сложным и не всегда чётким. 1

Некоторые причины:

• Один ген может управляться несколькими регуляторными участками. 2 С помощью регуляторных участков клетка может ускорять или замедлять синтез генных продуктов. 5
• Структурные гены и даже сами регуляторные гены могут идентично регулироваться. 1 Например, экспрессия структурных генов регулируется множеством факторов, включая эпигенетику (например, метилирование) и РНК-интерференцию (RNAi). 1
• Существуют примеры белков, которые явно не подходят ни под одну из категорий. 1 К таким белкам относятся, например, белки-шапероны, которые помогают в сворачивании других белков, выполняя регулирующую роль, но также участвуют в перемещении сопровождающих белков через мембраны и в других процессах. 1
• Внутренний компонент структурного гена может быть регуляторным. 1 Например, микроРНК образуются из внутренних транскрибируемых спейсеров генов рРНК, и, таким образом, структурный ген содержит регуляторный компонент. 1