Кислотоустойчивые микроорганизмы устойчивы к обычным методам окрашивания из-за наличия в их клетках большого количества липидов, воска и оксикислот. 1

Такие микроорганизмы плохо окрашиваются разведёнными растворами красителей. 1 Для облегчения проникновения красителя в клетки микроорганизмов нанесённый на препарат карболовый фуксин Циля подогревают над пламенем горелки. 1 Окрашенные микроорганизмы не обесцвечиваются слабыми растворами минеральных кислот и спирта. 1

Основным способом выявления кислотоустойчивых микроорганизмов является окраска по методу Циль-Нильсена, при которой вместо обычных красителей применяют концентрированные растворы красителей с подогревом. 3 При последующей кратковременной обработке кислотой одни микробные клетки прочно удерживают краситель и не обесцвечиваются в растворе кислот, другие — теряют цвет. 3