Кислотоустойчивые бактерии окрашиваются по методу Циля-Нильсена из-за наличия в их клетках липидов, воска и оксикислот. 12 Такие микроорганизмы плохо окрашиваются разведёнными растворами красителей. 2

Принцип метода состоит в том, что при одновременном воздействии нагрева и сильного протравливающего вещества — фенола (карболовой кислоты), на котором готовится основное красящее вещество фуксин, облегчается проникновение анилинового красителя в микробную клетку и, особенно, в структуры её клеточной стенки. 3 Связывание красителя с пептидогликолипидами клеточной стенки увеличивает её гидрофобность и способствует удержанию красителя в цитоплазме. 3

Последующее обесцвечивание мазка приводит к обесцвечиванию всех некислотоустойчивых структур. 3 Только кислото- и спиртоустойчивые микроорганизмы стойко удерживают краситель и остаются после обесцвечивания окрашенными в малиново-красный цвет. 3