Кэпирование является уникальным для эукариотических организмов, потому что обеспечивает ряд преимуществ, которых нет у прокариотических мРНК. 14 Некоторые из них:

• Защита от деградации. 14 Присутствие кэпа на 5'-конце защищает молекулы мРНК от быстрой деградации под действием экзонуклеаз. 14
• Повышение стабильности. 2 РНК эукариот благодаря кэпированию живёт гораздо дольше (как минимум несколько часов). 2
• Особый механизм инициации трансляции. 14 Кэп необходим для правильной установки на рибосоме, без него невозможна инициация трансляции. 5
• Отсутствие оперонов. 3 Из-за наличия кэпа и специального белка eIF4E, который не имеет гомологов у прокариот, у эукариот нет групп генов, кодирующих несколько белков последовательно. 3

Считают, что кэпирование характерно для всех живущих ныне эукариот, так как кэп присутствовал у их последнего общего предка. 14