Капсулы бактерий сложно визуализировать с помощью электронной микроскопии, потому что они плохо удерживают красители. 1 Для облегчения микроскопирования капсулы делают видимыми, проводя негативную окраску мазка по Бурри-Гинсу или Хиссу либо с помощью реакции набухания по Нойфельду. 1

Однако есть исключение: микрокапсулы выявляются только при электронной микроскопии в виде слоя мукополисахаридных микрофибрилл. 1

Также для исследования в электронном микроскопе используют срезы бактерий толщиной 20–100 нм, которые получают путём заливки исследуемого материала в эпоксидные смолы и разрезания полученных блоков на специальных микротомах. 4

Для повышения контрастности изображения объекта при электронной микроскопии используют различные способы контрастирования, например обработку клеток солями тяжёлых металлов (хрома, свинца, вольфрама и др.). 4