Капский варан не считается исчезающим видом в природе, но отлов молодых особей и яиц для продажи может привести к локальному исчезновению вида. 13

Так как в неволе капские вараны размножаются плохо, каждый год сотни малышей этих ящериц отлавливаются в Африке и отправляются на продажу в различные страны. 1 Это в малой степени влияет на основную популяцию рептилий, но отлов в небольших районах может привести к локальному исчезновению вида. 1

При этом возделывание человеком земли под сельскохозяйственные нужды (засев полей, постройка ферм, создание плантаций) практически никак не отразилось на популяции капских варанов, а где-то их даже стало больше. 1