Капельная модель не описывает некоторые свойства атомных ядер, потому что в её основе лежат предположения, которые не соответствуют реальному устройству ядер. 25
Некоторые из недостатков модели:
Кроме того, капельная модель непригодна для количественного описания спектров энергий возбуждённых состояний ядер. 14
Также модель не затрагивает такие вопросы, как индивидуальные характеристики основных и возбуждённых состояний атомных ядер, некоторые особенности альфа- и бета-распадов, закономерности размещения ядер-изомеров среди других ядер, распространённость различных ядер в природе. 2