Несколько возможных причин, по которым JavaFX выдаёт ошибку при подключении скрипта JS к FXML:

• Тег в начале файла FXML. 2 Он не является частью языка FXML, поэтому JavaFX не может проанализировать файл. 2 Вместо него нужно использовать тег fx:script, который используется для включения кода скрипта в файл FXML. 2
• Несоответствие идентификатора компонента. 1 Например, если обновить идентификатор компонента в файле контроллера, но забыть изменить его в файле FXML (или наоборот). 1 В этом случае контроллер не сможет связать компонент с файлом FXML. 1

Также ошибка может возникать, если не правильно указать путь к файлу FXML для загрузчика. 1