Изучение мембранных белков остаётся сложной задачей для учёных по нескольким причинам:

• Трудности с применением стандартных методов. 1 Стандартные методы для исследования взаимодействий между растворимыми белками трудно или невозможно применить к трансмембранным участкам мембранных белков. 1
• Необходимость в специальном окружении. 3 Белок нужно поместить в аналог клеточной мембраны, при этом стандартные системы вроде гигантских липидных везикул (липосом) не подходят, поскольку ни один из трёх основных методов исследования пространственной структуры макромолекул не может работать с такими объектами. 3
• Получение функционально-активных мембранных белков. 2 Наличие протяжённых гидрофобных участков в составе мембранного белка приводит к его агрегации в процессе синтеза, и, соответственно, получению неактивной молекулы. 2
• Изменение пространственной структуры. 5 Некоторые части молекул мембранных белков погружены в липидную мембрану, а некоторые торчат из мембраны в водный раствор. 5 Если вытащить липидную часть в воду, её пространственная структура изменится, и это уже будет не совсем тот белок, который выполняет свою работу в мембране. 5