Изучение филогенеза важно для понимания эволюции живых организмов, потому что оно помогает выяснить происхождение, родственные связи и процессы исторических преобразований разных групп организмов. 1

Это необходимо для развития общей теории эволюции и построения естественной системы организмов. 1 Кроме того, выводы филогенетики важны также для исторической геологии и стратиграфии. 1

Также изучение филогенеза позволяет проследить эволюцию признаков: зная свойства организмов одного вида, с помощью филогении можно судить о свойствах родственных ему существ и даже проследить эволюцию этих признаков. 3

Ещё одна причина важности филогенеза — биогенетический закон Геккеля–Мюллера: каждая особь в индивидуальном развитии (онтогенезе) повторяет историю развития своего вида (филогенез). 5