Изоэлектрическая точка (рI) важна для разделения белков в полиакриламидном геле, потому что в буферном растворе с рН, равным рI изучаемого белка, невозможно движение белковой молекулы в приложенном электрическом поле. 13

Это происходит из-за того, что при значении рН, равном рI, положительные и отрицательные заряды ионизированных групп скомпенсированы, и заряд всей белковой молекулы равен нулю. 13

Когда рН отличается от рI, молекулы белка приобретают заряд и под действием электрического поля перемещаются к противоположно заряженным электродам — катоду или аноду. 13

Таким образом, разделение белков в смеси возможно благодаря различию в изоэлектрических точках: в среде создаётся градиент рН, вдоль которого прикладывается электрическое поле. 5 Когда молекула, двигаясь в поле, попадает в зону с рН, соответствующим её изоэлектрической точке, её движение прекращается, и она остаётся на одном месте до окончания электрофореза. 5