Исследования дна Байкала остаются сложной задачей для учёных по нескольким причинам:
  - Экстремальные условия.                                                                          dzen.ru                       Холод, давление, мутная вода и удалённость делают погружения в Байкал чрезвычайно сложными.                                                                          dzen.ru                       
  - Неизученность большей части дна.                                                                          festivalnauki.ru                       Для научных исследований доступны в основном глубины до 30–50 метров, а примерно 99% дна Байкала остаётся неизученным.                                                                          festivalnauki.ru                       
  - Сложности с прогнозом погоды.                                                                          elementy.ru                       Для проведения работ необходимо знать чёткий прогноз погоды и постоянно следить за состоянием льда на Байкале.                                                                          elementy.ru                       
  - Препятствия, связанные с организацией исследований.                                                                          elementy.ru                       Например, сложности с проведением конкурса среди организаций, способных вести бурение на Байкале.                                                                          elementy.ru                       
  
 Несмотря на сложности, учёные продолжают исследования, используя специальные аппараты и акустические системы.                                                                          dzen.ru                       Современные технологии постоянно совершенствуются, и исследователи надеются на возможность более глубоких и точных исследований в будущем.                                                                          dzen.ru