Ископаемые переходные формы не всегда являются прямыми предками современных видов, потому что по ископаемым останкам невозможно достоверно установить, является ли один организм прямым предком другого. 12

Несколько причин, почему это так:

• Неполнота палеонтологической летописи. 12 Далеко не каждая переходная форма существует в виде окаменелости. 12
• Особенности процесса фоссилизации. 12 Для образования окаменелости необходимо, чтобы погибший организм был погребён под большим слоем осадочных пород. 12 Из-за крайне медленной скорости осадконакопления на суше, чисто сухопутные виды редко переходят в окаменелое состояние и сохраняются. 12
• Неравномерность темпов эволюции. 5 В ходе эволюционного перехода от одного вида к другому одни признаки меняются раньше, другие — позже. 5

В целом считается, что переходные окаменелости иллюстрируют переходные анатомические особенности реальных общих предков разных таксонов, а не являются реальными предками. 3