Ионы аммония важны в глобальном круговороте азота в природе, потому что они являются одной из форм, в которой азот высвобождается в процессе разложения органических веществ в почве. 1

Различные микроорганизмы извлекают азот из разлагающихся материалов и переводят его в молекулы, необходимые им для обмена веществ. 1 При этом оставшийся азот высвобождается в виде аммиака (NH3) или ионов аммония (NH4+). 1

Затем другие микроорганизмы связывают этот азот, переводя его обычно в форму нитратов (NO3–). 1 Поступая в растения и в конечном счёте попадая в организмы живых существ, этот азот участвует в образовании биологических молекул. 1 После гибели организма азот возвращается в почву, и цикл начинается снова. 1

Кроме того, некоторые микроорганизмы из рода Nitrosomonas используют нитрификацию иона аммония как единственный источник энергии. 4