Несколько причин, по которым индекс Хирша не признаётся некоторыми научными дисциплинами:
  - Непригодность для сравнения исследователей из разных научных областей.                                                                          sysblok.ru                       Количество публикаций и цитирований отличается в зависимости от количества исследователей в данной области, темы исследования, языка публикаций, возраста области науки и других параметров.                                                                          sysblok.ru                      
  - Невозможность учесть количество соавторов и индивидуальный вклад каждого из них.                                                                          sysblok.ru                       Например, при подсчёте индекса Хирша всё равно, написана ли статья десятью авторами или автор был один.                                                                          mmcm.bmstu.ru                      
  - Отсутствие учёта уровня источника, в котором размещена публикация.                                                                          sysblok.ru                       Чем выше импакт-фактор журнала, тем более значимые результаты описаны в опубликованных там статьях.                                                                          sysblok.ru                      
  - Возможность искусственного завышения показателя.                                                                          www.enago.com                       Например, исследователи стремятся публиковать статьи в наиболее читаемых журналах с более высоким индексом цитирования, чтобы увеличить число цитирований.                                                                          www.enago.com                      
  
 Таким образом, признание индекса Хирша в некоторых научных дисциплинах может быть ограничено его недостатками и неспособностью учесть важные аспекты научной деятельности.