Хромосомы имеют линейную структуру из-за усложнения эукариотических организмов. 1 Удлинение их ДНК (хромосом) привело к проблемам с упаковкой кольцевой ДНК при её хранении. 1 Большое кольцо невозможно сложить таким образом, чтобы в нужный момент (например, при самокопировании ДНК) его можно было бы легко и быстро расправить. 1

Линейные структуры легко наматываются на специальные цилиндры — гистоны, с которых при необходимости так же легко раскручиваются. 1

Ещё одной характерной особенностью линейных хромосом является наличие теломеры, которая стабилизирует концы хромосом и достраивается по специальному механизму, в обход трудности репликации концов линейной ДНК. 2