Хромосомные перестройки считаются инструментом естественного отбора в эволюции, потому что они приводят к изменению генофонда популяции и служат материалом для эволюции. 1

Перестройки хромосом могут изменять поведение хромосом в мейозе, действие генов, свойства доминирования генов, характер рекомбинации генов, гаметогенез и т. д.. 2 Поскольку естественный отбор контролирует все процессы в организме, потомство организмов с разными хромосомными перестройками будет иметь разные шансы на выживаемость. 2

Кроме того, в случае возникновения жизнеспособной формы, гомозиготной по транслокации, инверсии или дупликации, она может оказаться приспособленной к определённым условиям существования и свободно размножиться, а затем обособиться в новый вид. 2