Хромосомная инженерия не используется в селекции растений по нескольким причинам, среди которых:

• Ограниченная научная база и слабая финансовая поддержка. 2 Это сдерживает развитие исследований по идентификации эффективных генов, созданию банков генов. 2
• Избыточность чужеродного генетического материала. 1 При манипуляциях с хромосомами могут переноситься не только полезные гены, но и те, которые оказывают негативное действие, например, на урожайность или качество продукции. 1
• Сложность прогнозирования. 2 Часто после двух-пяти поколений активно транскрибирующийся ген перестаёт экспрессироваться. 2 Это зависит от ряда факторов, в том числе от последовательности самого белка и конкретного места интеграции его в геном растения. 2

Однако хромосомная инженерия всё же применяется в селекции растений, её методы используются для увеличения генетического разнообразия культурных растений. 1