Хламидомонада считается важным участником водных экосистем, потому что она выполняет следующие функции:

• Производит кислород для атмосферы. 3 Способность к фотосинтезу позволяет хламидомонаде преобразовывать солнечный свет в энергию. 5
• Служит начальным звеном пищевых цепей. 4 Водоросли, к которым относится и хламидомонада, служат кормом для растительноядных организмов. 4
• Очищает окружающую среду. 1 Благодаря гетеротрофному питанию хламидомонады могут поглощать органические вещества и токсичные соединения, очищая водоёмы. 1

При этом слишком активное размножение хламидомонады может ухудшать условия обитания для других жителей водоёма. 1