Хемосинтезирующие организмы имеют небольшое значение в формировании первичной продукции из-за большого расхода энергии. 14 Из-за этого все хемосинтезирующие бактерии, кроме водородных, образуют довольно мало биомассы, но при этом они окисляют большой объём неорганических веществ. 14

Образование органических веществ в результате хемосинтетических процессов может рассматриваться как первичная продукция только в том случае, когда вещества, служащие источником для хемосинтеза, поступают в водоём извне, подобно приходящей солнечной радиации. 1 Если же эти вещества образовались в результате разложения автохтонных органических веществ, то хемосинтез не играет роли в образовании первичной продукции. 1 В этом случае деятельность хемосинтезирующих бактерий — это этап утилизации энергии первичной продукции. 1