Губки считаются важными в экосистеме водоёмов по нескольким причинам:

• Фильтрация воды. 24 Губки питаются бактериями и пищевыми отходами, что способствует утилизации мёртвого органического вещества в водоёмах и очищению воды. 2
• Симбиотические отношения. 12 Находясь в симбиотических отношениях с бактериями и водорослями, губки дают им поддержку и защиту, а те, в свою очередь, обеспечивают губку пищей. 1
• Дом для других организмов. 1 На поверхности тел губок и во внутренних полостях поселяются актинии, разнообразные черви, креветки, морские звёзды и морские ёжики, моллюски, рыбы. 2
• Источник питательных веществ. 3 Губки выделяют большое количество аммония, который благодаря активности связанных с ними микроорганизмов становится важным питательным веществом в водной экосистеме. 3