Гуанин был впервые выделен из птичьего гуано, потому что это соединение — основная часть экскрементов птиц, от чего и получило своё название. 3
Впервые гуанин получил из гуано Джулиус Бодо Унгер в 1844 году, но сначала описал его как ксантин. 5 После исправления ошибки Айнбродтом, Унгер опубликовал соединение под новым названием «гуанин» в 1846 году. 5