Грибы мацутаке считаются исчезающим видом по нескольким причинам:

• Узкая экологическая амплитуда. 1 Мацутаке растут в чистых сухих средне- и старовозрастных сосновых борах-беломошниках на бедных песчаных или каменистых щелочных почвах. 1 При изменении состава растительных сообществ и почв плодоношение гриба прекращается. 1
• Угроза от вырубки спелых сосновых лесов. 1 Также к факторам, влияющим на сокращение численности мацутаке, относят высокую рекреационную нагрузку. 1
• Интенсивный сбор. 1 Это связано с высокими пищевыми и лекарственными свойствами вида. 1

В 2020 году мацутаке были внесены в Красный список исчезающих видов Международного союза охраны природы (МСОП). 45