Грамположительные бактерии окрашиваются в сине-фиолетовый цвет, а грамотрицательные — в розовый, из-за различий в строении клеточной стенки. 23
У грамположительных бактерий клеточная стенка толстая, но однослойная, содержит много пептидогликана — муреина, а также тейховые кислоты. 2 Эти вещества образуют прочное соединение с красителями — генцианвиолетом и йодом и поэтому остаются окрашенными после обработки мазка спиртом. 2 Таким образом, грамположительные бактерии по методу Грама окрашиваются в сине-фиолетовый цвет. 2
У грамотрицательных бактерий клеточная стенка тонкая, но двухслойная. 2 Муреина мало, причём он содержится во внутреннем слое клеточной стенки, тейхоевые кислоты отсутствуют. 2 Внешний слой клеточной стенки содержит, главным образом, вещества, обладающие гидрофобными свойствами — липополисахариды и липопротеиды. 2 Эти вещества не образуют прочного комплекса с красками генцианвиолетом и йодом. 2 Поэтому клетки обесцвечиваются после обработки 96% этиловым спиртом и после дополнительной окраски красителем фуксином окрашиваются в бледно-розовый цвет. 2