Горизонтальный перенос генов усложняет изучение эволюции прокариот, потому что не позволяет определить главное, вертикальное направление эволюции. 5 Если организмы обмениваются генами с высокой скоростью и свободно, концепция вертикальной эволюции теряет смысл. 5

Кроме того, попытки построить универсальное филогенетическое дерево на основании последовательностей геномов приводят к ряду филогенетических конфликтов. 4 Нередко какие-то гены обнаруживаются там, где по логике эволюционного наследования их быть не должно. 4 Отсутствие гена у предков организма часто наводит исследователей на мысль, что он получен путём горизонтального переноса. 4

Также случаи горизонтального переноса между близкими штаммами микробов обнаружить труднее, чем между неродственными группами. 3