Голомянка считается важным звеном в экосистеме озера Байкал, потому что она служит ключевым элементом пищевой цепи. 23

Вот как это происходит: под действием солнечных лучей байкальский фитопланктон (микроскопические водоросли) массово плодится, потребляя из воды азот и фосфор. 1 Зоопланктон — эпишура (тоже эндемик) поедает водоросли. 1 Эпишуру поедают рачки макрогектопусы. 1 Голомянки питаются и рачками, и планктоном. 1 Голомянок едят уже более крупные хищники — омули и нерпы. 1

Все отходы, образующиеся по ходу этой пищевой цепочки, постепенно опускаются глубже ко дну озера, где перерабатываются бактериями, которые возвращают в воду азот и фосфор. 1 Если из строя выйдет хотя бы один элемент цепи, Байкал начнёт «давать сбои». 1