Глаголы «подшутить» и «шутить» считаются разными по смыслу, потому что они обозначают разные действия. 1

Шутить означает говорить, поступать весело, смешно, забавно, делать что-либо ради потехи, смеха, забавы, развлечения. 25 Шутить можно с добрыми намерениями и со злыми. 1

Подшутить означает сделать кого-либо предметом шутки, забавы, посмеяться над кем-, чем-либо, поставить кого-либо ради шутки в смешное положение. 4 Подшутить можно по-доброму или по-злому. 1

Таким образом, разница заключается в том, что «шутить» обозначает общее действие, а «подшутить» — конкретное действие, направленное на определённый объект.