Нельзя однозначно сказать, почему глагол «пребывать» стал устаревшим в современном русском языке.
Однако есть информация, что в современном языке «пребывать» используется реже, чем его синонимы, но имеет книжную окраску и торжественный оттенок, что делает его незаменимым в некоторых контекстах, например при описании исторических событий, литературных произведений или философских рассуждений. 5
При этом слово «пребывать» всё ещё упоминается в словарях как устаревшее, например в «Толковом словаре русского языка» под редакцией Д. Н. Ушакова (1935–1940). 24