Гипотеза зоопарка вызывает споры среди учёных, потому что она не поддаётся проверке. 2 По мере развития методов обнаружения всегда можно сказать: «Возможно, у инопланетян просто есть более совершенные способы ускользнуть от нашего обнаружения». 2

Также гипотезу зоопарка считают несколько надуманной и неоднократно подвергавшейся научным сообществом аргументированной критике. 1