Гипотеза протоависа считается спорной в науке по нескольким причинам:

• Недостаточное количество находок. 14 Было найдено лишь несколько частей протоависа, в первую очередь череп и некоторые кости конечностей. 4 Это заставило многих учёных сомневаться в том, что все останки принадлежат одному виду. 4
• Сомнительная интерпретация некоторых признаков. 2 Например, Луис Чиаппе указывал на сомнительную интерпретацию некоторых признаков и плохую сохранность материала. 2
• Версия о химерности экземпляров. 14 Есть гипотеза о том, что найденные останки представляют собой скопление костей нескольких организмов, принадлежащих к разным видам. 1
• Отсутствие доказательств наличия перьев. 1 По мнению некоторых палеонтологов, детальный анализ окаменелостей не даёт никаких свидетельств наличия у протоависа перьев. 1

Таким образом, среди учёных нет единого мнения о статусе протоависа: некоторые палеонтологи принимают его как птицу, другие отвергают эту связь и подвергают сомнению достоверность таксона. 13