Некоторые учёные высказывают сомнения в гипотезе мира РНК по нескольким причинам:

• Нестабильность РНК. 25 Молекула быстро распадается при малейших изменениях в окружающей среде. 2 Это вызывает вопрос, как РНК могла служить надёжным хранилищем генетической информации. 5
• Сложности с «случайным» синтезом. 2 Для образования итоговой молекулы РНК должно было совпасть слишком много условий. 2
• Ограниченная каталитическая способность рибозимов. 5 Критики теории считают, что тот минимум химических реакций, который необходим для осуществления метаболизма в мире РНК, не может быть обеспечен одними лишь рибозимами. 5
• Отсутствие объяснения появления генетического кода. 3 Мир с одной лишь РНК не объясняет, как появился генетический код, который большинство живых организмов использует сегодня для передачи генетической информации в белки. 3
• Невозможность координации скорости химических реакций. 3 Для функционирования жизни полимеру необходимо было суметь координировать скорость химических реакций, которые могут идти со скоростями, различающимися по величине на 20 порядков. 3

Однако есть и исследования, которые ставят под сомнение некоторые предположения гипотезы мира РНК. 1 Например, эксперимент, опубликованный в журнале Nature Communications, показал, что РНК может способствовать созданию «строительных блоков» белков как в левой, так и в правой ориентации. 1