Гипоксантин считается важным в процессе синтеза пуриновых нуклеотидов, потому что является предшественником остальных пуриновых нуклеотидов. 4

На первой стадии синтеза происходит построение пуринового кольца инозинмонофосфата (ИМФ, инозиновой кислоты) — нуклеотида, состоящего из остатков гипоксантина, рибозы и фосфорной кислоты. 4 ИМФ — предшественник остальных пуриновых нуклеотидов. 4

Превращение гипоксантина в ИМФ происходит с помощью фермента гипоксантин-гуанинфосфорибозилтрансферазы (HGPRT). 2 Этот фермент играет центральную роль в образовании пуриновых нуклеотидов через путь восстановления пурина. 2