Гетерохроматин более активен в определённых фазах клеточного цикла благодаря способности разных типов гетерохроматина проявлять активность в зависимости от стадии развития или типа клеток. 12

Конститутивный гетерохроматин практически на протяжении всего клеточного цикла конденсирован и генетически не активен. 3 Его роль заключается в поддержании общей структуры ядра, прикреплении хроматина к ядерной оболочке, взаимном узнавании гомологичных хромосом в мейозе, разделении соседних структурных генов и регуляции их активности. 4

Факультативный гетерохроматин может обратимо переходить из эухроматинового в гетерохроматиновое состояние в зависимости от типа клетки, стадии клеточного цикла или особенности одной из гомологичных хромосом. 3 В таком состоянии ДНК становится транскрипционно активной, и происходит экспрессия генов, локализованных на данном участке хромосомы. 24