Гены эукариот содержат больше интронов, чем гены прокариот, для обеспечения более тонкого уровня регуляторного контроля. 1

Интроны обеспечивают включение и выключение генов в нужное время, что важно для сложных биологических процессов, которые характерны для эукариот. 1 У прокариот же процессы транскрипции и трансляции сопряжены, поэтому у них нет времени и пространства для сплайсинга интронов. 15

Кроме того, такая организация генов эукариот позволяет осуществлять альтернативный сплайсинг — синтез разных белков за счёт различных комбинаций экзонов. 5

При этом у прокариот интроны всё же есть, хотя и в меньшем количестве, так как их гены часто организованы в опероны, и одна полицистронная мРНК часто кодирует множество белков из множества соседних генов. 1