Генетическое расстояние между генами может отличаться от физического, потому что кроссинговер (перекрёст хромосом) происходит не с одинаковой вероятностью в разных участках хромосом. 1

Изучение частоты (процента) кроссинговера между генами, локализованными в пределах одной хромосомы, позволяет установить относительное расстояние между ними. 3 При этом при использовании современных методов генетического картирования расстояние между генами измеряется в тысячах пар нуклеотидов и соответствует физическому. 1

Также отношение генетического расстояния и физической длины не одинаково вдоль хромосом. 2 Например, если два локуса находятся в хромосоме достаточно далеко друг от друга, чтобы при каждом мейозе происходил хотя бы один переход, они расходятся независимо, на каком бы расстоянии они ни находились физически. 2