Гематоксилин окрашивает клеточные ядра, потому что они содержат большое количество ДНК и РНК, которые являются базофильными структурами, связывающими основные (щелочные) красители, к которым относится гематоксилин. 15

Эозин окрашивает цитоплазму, потому что она содержит внутри- и внеклеточные белки, которые относятся к эозинофильным структурам, связывающимся с кислыми красителями, к которым относится эозин. 15

Таким образом, избирательное сродство структур к определённым красителям обусловлено их химическим составом и физическими свойствами: цитоплазма клеток чаще всего окрашивается оксифильно, а ядра клеток — базофильно. 3