Гематоксилин эффективен при окрашивании клеточных ядер, потому что проникает через клеточную мембрану и окрашивает только ядро, не затрагивая других составных частей клетки. 2
Кроме того, окраска ядра клетки гематоксилином сохраняется неизменной при дальнейшей обработке препарата другими красителями, что позволяет применять комплексную окраску и в том же образце выявлять другие клеточные структуры. 2
Также гематоксилин, вероятно, взаимодействует с амино- и гуанидино-группами ДНК в ядре, что придаёт ему синий цвет. 3