Гель-электрофорез считался основным методом детекции продуктов ПЦР раньше по нескольким причинам:

• Простота метода. 3 Электрофорез в агарозном геле не требовал дорогостоящего оборудования. 3
• Возможность идентификации продукта ПЦР по длине. 5 Метод позволял обнаруживать даже единичные копии фрагмента ДНК на фоне большого количества балластной ДНК. 5

Однако у гель-электрофореза были и недостатки: высокий риск контаминации продуктами амплификации и, как следствие, появление ложноположительных результатов. 35

Эти проблемы удалось решить с появлением других методов детекции, например ПЦР в реальном времени, которая не требует визуализации продуктов реакции с помощью гель-электрофореза. 34