Нельзя однозначно сказать, почему функциональная дифференциация считается самой сложной формой разделения системы. Однако есть некоторые особенности этого процесса:

• Расчленение системы. 2 Функциональная дифференциация предполагает разделение системы или подсистемы на различные элементы в зависимости от выполняемых ими функций. 2 Эти элементы дополняют друг друга, и от их взаимодействия зависит существование и равновесие системы. 2
• Создание проблемы интеграции. 1 Хотя функциональная дифференциация расширяет функциональные возможности институтов, она создаёт проблему интеграции, то есть координации деятельности разнообразных новых институтов. 1
• Возможность дисфункционального характера. 4 Социологи отмечают, что социальная дифференциация всё больше принимает дисфункциональный характер и мешает открывать таланты. 4

При этом функциональное разделение делает любой социальный организм сильнее, динамичнее и эффективнее. 3 Примеры такого разделения — армия и предприятие, которые невозможно представить без распределения функций между отдельными членами сообщества. 3