Фрагменты Оказаки у прокариот длиннее, чем у эукариот, из-за различий в процессе репликации ДНК. 25

У прокариот репликация происходит в цитоплазме, быстрее и точнее. 2 Каждый фрагмент Оказаки образуется рядом с репликационной вилкой после РНК-праймера, который продолжает ДНК-полимераза III. 5

У эукариот репликация ДНК происходит в ядре, медленнее и менее точно. 2 Отстающая цепь синтезируется ДНК-полимеразой α. 5 Кроме того, у эукариот больше типов ДНК-полимераз, и основная репликативная ДНК-полимераза должна быть процессивна, то есть синтезировать очень длинный фрагмент ДНК без «соскоков» с матрицы. 3

Таким образом, более длинные фрагменты Оказаки у прокариот могут быть связаны с особенностями механизма репликации, характерными для прокариотической клетки.