Фотосистемы I и II считаются двумя основными типами фотосинтетических систем, потому что они выполняют разные функции в процессе фотосинтеза. 24

Основная функция фотосистемы II — генерация сильного окислителя, который индуцирует процесс окисления воды и перенос её электронов на мембранный переносчик. 2 Основная функция фотосистемы I — насытить эти низкоуровневые электроны энергией, чтобы с их помощью осуществить восстановление НАДФ+. 2

Кроме того, фотосистемы различаются по строению: фотосистема I симметрична, то есть в ней работают две ветви электронного транспорта, что делает его значительно более быстрым, в то время как фотосистема II асимметрична и обладает только одной рабочей ветвью, что замедляет транспорт электронов, но делает его более управляемым. 2