Форма слова «сапоги» изменилась с «сапогов» на «сапог» из-за изменения литературной нормы. 1

В XIX веке вариант «сапогов» был единственно правильным. 1 Однако со временем окончание «-ов» отпало, и форма «сапог» стала основной. 35

Это связано с правилом русского языка о том, что слова, обозначающие парные предметы, в родительном падеже множественного числа, как правило, имеют нулевое окончание. 12