Форма «пеня» в единственном числе считается устаревшей, потому что слово «пени» закрепилось во множественном числе и вошло в группу существительных, употребляемых только во множественном числе (pluralia tantum, с лат. — «множественное только»). 15
Это произошло из-за употребления слова в определённом смысле: предполагается, что с момента просрочки человеку будут начисляться пени — не единожды, а за каждый просроченный день. 1 Такое использование закрепило в слове микрозначение множественности и повлияло на его актуальный грамматический статус. 1