Фонетический принцип в орфографии часто противоречит морфемному, потому что он предполагает написание слов согласно их звучанию, а морфемный принцип — единообразное написание значимых частей слова (приставок, корней, суффиксов и окончаний). 23

Например, в соответствии с морфемным принципом фонемный состав морфемы передаётся на письме всегда одинаково, а по фонетическому принципу буква обозначает не фонему, а звук, выступающий в перцептивно слабой позиции. 15

Также фонетический принцип проявляется при передаче на письме фонетических чередований в одной и той же морфеме. 5 Например, по фонетическому принципу пишется буква «ы» после ц: цыган, огурцы, курицын, бледнолицый. 5