Феномен дежавю до сих пор остаётся загадкой для науки по нескольким причинам:

• Сложность процессов, происходящих в сознании и памяти. 1 Мозг — это сложнейшая система, и, хотя учёные многое узнали о том, как он обрабатывает информацию, трудно точно объяснить, как он генерирует ощущение повторяющегося опыта. 1
• Сложность воспроизведения феномена в лабораторных условиях. 5 Дежавю возникает под воздействием определённого стимула, который сложно смоделировать. 2
• Ретроспективный характер описания феномена. 2 Люди всегда говорят о дежавю с оглядкой на прошлое, в котором невозможно точно визуализировать фрагменты из подсознания. 2
• Отсутствие единого научного консенсуса. 1 Существует множество теорий, но ни одна из них не даёт окончательного ответа на вопрос, почему возникает дежавю. 1