Феномен «бутылочного горлышка» считается ключевой причиной потери биоразнообразия, потому что он приводит к резкому сокращению генофонда популяции. 15

Это может произойти вследствие климатических изменений, увеличения популяций хищников, болезней или катастроф (например, извержений вулканов или других природных катаклизмов). 4 В результате последующим поколениям передают свои гены небольшое количество индивидов, и генофонд популяции сокращается. 4

Сокращение генетических вариаций снижает устойчивость популяции к внешним условиям и способность адаптироваться и выживать в новых условиях. 2 В такие периоды у вида наблюдается значительный дрейф генов — случайные изменения частоты аллелей (различных форм одного гена), генотипов и даже утрата отдельных аллелей. 2