Европейская садовая овсянка считается редкой птицей в Западной Европе из-за неумеренной охоты на неё. 1 Во Франции этот вид издавна отлавливают во время миграций с помощью сетей и ловушек и используют для приготовления деликатеса. 2 Из-за этого численность садовых овсянок за последние 40 лет сократилась более чем на 80%. 2

Также на численность птиц влияет развитие сельского хозяйства. 2 Чрезмерное использование пестицидов, распашка земель и распространение монокультур не оставляют им места для гнездования и лишают кормовой базы. 2

При этом Международный союз охраны природы (IUCN) относит садовую овсянку к таксонам наименьшего риска, так как у вида всё ещё огромный ареал и достаточно высокая численность — от 8 до 18 млн особей. 2